A baleia franca austral é um animal migratório e vive apenas no hemisféiro sul. Todos os anos as baleias desta espécie viajam millhares de quilômetros dividindo o hemisféiro sul em 2 locais de habitat, conhecidos por área de alimentação e área de procriação.
As áreas de alimentação se localizam na região sub-antártica e as baleias estão lá durante o verão e o outono do hemisfério sul. Neste período o seu alimento (krill e fitoplâncton) pode ser encontrado em abundância.
Quando os mares do extremo sul começam a congelar e o alimento a ficar escasso, as baleias partem para regiões mais quentes do hemisfério. Então elas abandonam as áreas de alimentação e assumem diferentes rotas migratórias na direção das áreas de procriação. É durante o inverno e a primavera que elas se dirigem para estas regiões com o objetivo de acasalar e parir seus filhotes. Uma dessas rotas traz todos os anos a baleia franca austral para a costa da Argentina, Uruguai e Brasil.
ARGENTINA
Província de Chubut
- Puerto Madryn
- Puerto Pirâmides Província de Rio Negro
- San Antonio Oeste (Praia Las Grutas)
- San Antonio Este
URUGUAI
Departamento de Maldonado
- Punta del Este Departamento de Rocha
- Cabo Polônio
- La Paloma
- La Pedrera
BRASIL
Estado de Santa Catarina
- Laguna
- Imbituba
- Garopaba
- Palhoça
- Florianópolis (sul da ilha)